宋元时代妈祖信仰已传至南海。南宋时期，刘克庄《到任谒诸庙·谒圣妃庙》记载：“某持节至广，广人事妃，无异于莆，盖妃之威灵远矣。”岭南沿海多称妈祖为“天妃”或“天后”，妈祖地位逐渐上升，是岭南沿海最重要的海神。据明代嘉靖年间黄衷《海语》“海神”条载：“南海最灵验，敕赐庙宇，春秋二祭，国有六事，天子遣使进香……民间舟中所事海神不一，广琼有天妃祠，亦敕封王祭”。屈大均《广东新语》记载：“凡渡海卒遇怪风，哀号天妃，辄有一大鸟来止帆樯，少焉红光荧荧，绕舟数匝，花芬酷烈，而天妃降矣，其舟遂定得济。又必候验船灯，灯红而神降，青则否。其祠在新安赤湾……凡济者必祷，未知辞沙，以祠在沙上故云。”由此可见，妈祖信仰逐渐超越南海神信仰，天妃庙宇数量骤增。

     南沙群岛东北部，由永兴、和五、石岛、南岛、北岛等众多岛屿组成；南沙群岛的西南部由珊瑚、甘泉、金银、琛航、中建等诸多岛屿组成。这些岛屿，都是中华先民们最先发现和从事各种行业生产、生活过的地方。历代渔民、船工、海员、客商敬奉妈祖，在从事生产生活的过程中，每每祈求妈祖的保佑，在南海诸多岛屿上都建有敬奉妈祖的场所，留下许多妈祖在南海的印记。西沙群岛的永兴岛建有妈祖庙，供奉妈祖，还挂有“海不扬波”的匾额。不止永兴岛上有妈祖庙，三脚岛（琛航）、甘泉岛、北岛、黄山马（今平岛）、太平岛，也都建有大小规模不一的娘娘庙。这些岛屿上所建的妈祖宫庙，有些是中国渔民从大陆运来各种建筑材料建成的，有些是就地取材，用珊瑚石砌成。可以想象，在海岛上修建妈祖庙的过程，可以谱写一曲探索海洋文明的颂歌。

     每逢妈祖诞辰和升天之日，海南一些海岛上都会举行游神、演戏等活动，春秋二季，年年如此。嘉靖《琼州府志》写到：“今渡海往来者，官必告庙行礼，而民必祭卜方行。”综合历代有关海南史书和方志发现，元代海南岛妈祖庙仅有5座，明清两代又增加了42座，遍布琼州府的13个州县。明正德《琼台志》记载，在琼山（今海口）、万州（今万宁）、崖州（今三亚）、感恩（今东分），元代就建有天妃庙。日本人小叶田淳的《海南史》中就写道：“海南岛最初的天后庙，是元朝时代建在白沙津和海口的。”海口市海甸北白沙门上村天后宫，对联云：“万派回澜依后德，千秋血食颂神功”；白沙门中村天后宫有对联云：“素沐鸿恩光福境；同歌仁里艳阳春”。

     近现代，妈祖庙宇在海南有增无减。海口新埠岛上的天后宫就有6座，而在临高的调楼和新盈等乡镇，有的村子甚至有两三座妈祖庙。在海南岛只要是有港口、码头和商埠的沿海地区就有妈祖庙，数量估计已经超过百座。海南保存着历代留下了来的众多妈祖文化遗迹。上世纪20年代，海南省琼海渔民在西沙珊瑚打捞到一尊妈祖石雕像，是古代中国沿海船只留下的遗物。在西沙群岛第二大岛东岛（和五岛）西南角一座古庙庙门上，刻有一幅对联：“前向双帆孤魂庙，后座一井兄弟安”。尤其是在南海的各小岛屿上，有众多妈祖庙。从这些文物考证的发现中可以得到妈祖在南海的印证。